早在1939年毛就欲“在另一时间”对胡适“整个思想系统上的错误”进行批判。但在五十年代批胡高潮中，毛一方面制止全盘否定改良的幼稚倾向，一方面说胡适对新文化运动的贡献以后可以说一说，现在不必多讲（有如说将来修中国历史，还有讲到陈的功劳），同时毛泽东又分别委托曹聚仁、周甦生，转达胡适希望他“回大陆看看”。说是：“我们尊重胡适先生的人格，我们反对的不过是胡先生的思想。”胡适回绝了毛的好意，说是：“没有胡适的思想就没有胡适。”这就引出了毛泽东1956年2月在怀仁堂对知识界代表的一席话：

　　胡适这个人也真顽固，我们托人带信给他，劝他回来，也不知他到底贪恋什么？批判嘛，总没有什么好话。说实话，新文化运动他是有功劳的，不能一笔抹煞，应当实事求是。到了21世纪，那候，替他恢复名誉吧。

　　“到了21世纪，那时候，替他恢复名誉吧”。果然言中了。其实尚未到21世纪，胡适的名誉在海峡两岸就与日俱增。不过，恰如这个句子没有主语一样，“替他恢复名誉”的主人是历史，而非某派某人之力。因为还没有到21世纪毛泽东自己就被自然辩证法带走了。毛泽东在生时不仅没替胡适恢复名誉，而且1957年将胡适留在大陆的儿子胡思杜打成了右派。胡思杜虽在报纸上发表了《对我父亲--胡适的批判》，与父亲划清了界限，称父亲是“反动阶级的忠臣、人民的敌人”、“美帝国主义的走狗”，仍难解脱，终因绝望而自杀。这大概是对胡适“顽固”表现--不“回大陆看看”的报答吧。

　　富有戏剧性的是，几乎与大陆批胡运动同时，台湾岛上也宣布胡适为“思想界的敌人”，也掀起了一股“围剿胡适”的狂潮。胡适泰然处之。1961年7曰26日他抄录南宋诗人杨万里的绝句，送给在狱中过65岁生日的雷震（《自由中国》主编）。

　　万山不许一溪奔，

　　拦得溪声日夜喧。

　　到得前头山脚尽，

　　堂堂溪水出前村。

　　恰反映了胡适晚年的心境。1962年2月24日，胡抱病主持台湾的中央研究院第五次院士会议，在酒会上他又谈起一个永恒话题：言论自由与思想自由。他以异样的语调，激动地说：“我去年说了25分钟的话，引起了围剿，不要去管它，那是小事体，小事体，我挨了四十年的骂，从来不生气，并且欢迎之至，因为这是代表了自由中国的言论自由与思想自由。”不知是无奈的自嘲还是风趣的反讽。他的身子随着刚落的话音，轰然倒下，再也没起来。像一个倒在沙场上的战士，他用生命书写着一个凝重的历史遗嘱。在无地自由的国土上呼唤着自由。

　　25日晨，蒋介石派张群代表前往吊唁，并亲书挽联：“新文化中旧道德的楷模，旧伦理中新思想的师表。”3月1日，公开瞻仰遗容，瞻仰者约4万人。3月2日公祭，一百馀团体、两万馀人参加。灵柩上覆盖北大校旗。灵柩暂居南港“中央研究院”，自发送葬路祭者达30馀万人。10月15日，安葬于台北旧庄墓园。毛子水用白话撰的墓志铭别具一格：

　　这是胡适的墓。这个为学术和文化的进步，为思想和言论的自由，为民族的尊荣，为人类的幸福而苦心焦思、敝精劳神以至身死的人，现在在这里安息了！

　　我们相信，形骸终要化灭，陵谷也会变易，但现在墓中这位哲人所给予世界的光明，将永远存在！